但是在被改造的那些机甲怪物当中，有这样一批实验者能够在机甲和人类的形态之间来回切换，而且还能保持着足够的理智。
这些人，无一例外都是一些年轻的少女，或许是因为她们本身体内有某种特殊的基因导致跟魔盒能量源结合的时候产生了这种奇妙的变化。
唯一的缺点在于，变成机甲形态的少女们无法对机甲本身进行操控，而需要一个跟她们匹配的驾驶员才能让机甲的作用发挥出来。
这些驾驶员不分男女，可以在剩下的人类当中进行挑选。
至此当时的人类认为他们制造出了一种完美的兵器。
直到这一天，一个名为X的机甲少女诞生，她不但能变身成为机甲，同时不需要任何的驾驶员进行操作，自己就能独立完成作战的工作。
X还拥有一种特殊的能力，她能通过脑电波控制和引领其他的怪兽，被当时的人类指挥官视为人类最大的希望，只要拥有了X，就能控制整个世界。
于是野心勃勃的指挥官利用X进行各种星际扩张，屠杀掉了无数行星上的智慧生命，让人类的火种扩张到宇宙当中无数个角落。
可这个叫做X的少女因为了解到了真相，不甘于被那些权位上的人当成工具进行操控于是逃离了星球，在这之后，她通过召集和控制其他的机甲怪兽，组建了一支浩荡的机甲怪兽队伍，对人类进行了报复。
这之后的过程，就是玩家们在游戏一开始看到的那样。
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